La Cantera Popular, en su Primer Encuentro Nacional, definió su modelo de organización que está conformado por una Mesa Nacional, integrada por dos miembros de cada uno de sus frentes de acción: Pensamiento, Juvenil, Municipal, Universitario y de los Trabajadores.

Además, cada una de las provincias que la conforman deberá designar 4 delegados para el Congreso Nacional de la Cantera que deberá sesionar cada tres meses en diferentes lugares del País.

Esta es la composición de la Mesa Nacional Período 2009 - 2011:

Por el Frente de Pensamiento:
Hernán Rossi (CABA)
Lorena Tetaz (Buenos Aires)

Por el Frente Municipal:
Carlos Ordoñez (Córdoba)
Carolina Piedrabuena (Santa Fé)

Por el Frente de los Trabajadores:
Pablo Regnier (CABA)
Emilio Villena (Córdoba)

Por el Frente Universitario:
Celeste Ruíz Díaz (Santa Fé)
Sergio Duarte (Corrientes)

Por el Frente Juvenil:
Francisco Fonseca (Misiones)
Nora Tocornaz (Salta)